לילה לפני פטירתו, שלף שלח כתב-יד שכותרתו "הקו הירוק הדק: מבעיות בלתי פתירות לפתרונות אפשריים בסכסוך הישראלי-פלשתינאי" למו"ל בארצות-הברית. בספר זה הוא דן בבעיות המקשות על שני העמים להגיע לדו-קיום, והוא מציע דרכים העשויות להוביל לפיוס אמתי. את הספר במלואו ניתן להוריד בפורמט pdf מדף הבית באנגלית.
בשנת 2004 ראה אור ספרו האחרון של ליאון שלף: "בצל הצלב: יחסי יהודים-נוצרים לאורך הדורות". ספר זה מביא פרשנות מקורית למתחים בין היהדות והנצרות, תוך דיון בשני הסיפורים המכוננים של שתי הדתות--העקדה מזה והצליבה מזה.
